然而自从2000年与复旦大学合并以后，上海医学院完整的医学教育体制遭到了严重破坏。原附属于上海医学院的各个教学医院与上海医学院脱离关系，升格为复旦大学的附属医院。原药学院、卫生系、护理系也都相继升级，与上海医学院平起平坐，共同属于复旦大学以下的单位。目前虽然"复旦大学上海医学院"的牌子挂在枫林桥的校门口，但是上海医学院只不过相当于过去的基础医学部而已。这样医学前后期的关系没有了，二者完全分离。这也就意味着理论与实践的脱离，完全不符合发展和提高的一般规律。毫无疑问，其结果将直接影响到教学质量、师资培养、学术活动的开展，学科的发展以及医学科学的研究等，从而进一步影响到医疗卫生的水平，直接与人民的健康有关。治病救人，人命关天，不应忽视。并且可能在不远的将来，影响到人才的培养。
合并前后教学体制的比较
上海医科大学所属的各个下属单位并非孤立地存在，而是在教学、科研、师资培养、医疗卫生等各个方面密切联系，相互合作，支援协助，渗透，构成一个完整的集体。表现在教学上则是在校长的统一领导下，由各个单位分管教学的老师讨论和安排课程。基础医学部的老师可在药学院、卫生学院或护理部教授基础课程；卫生学院的老师则可担任医学院的公共卫生课程；他们也可以到教学医院进行临床病理检查和临床细菌学、血清学和病毒学的检验工作。除了医学院学生最后一年在教学医院全天值班实习以外，药学院的学生也可以到教学医院药房实习。这些措施对于学生能力培养极为有利。
反观合并后的情况就大不相同了。复旦大学的下属单位各不相关，互不往来，各自为政，既缺少交流，也无协作，只在名称上是复旦大学的一个下属单位而已。此种组织形式的不良后果是显而易见的。例如
2000年至2005年之间，卫生学院不设病理学课程，因为他们没有这方面的师资，原因是报考卫生学的研究生是不考病理学的，所以已经成为卫生学院教师的这些研究生就无法开出病理学这门课程达5年之久。2006年经病理学系提出后才得以解决。此外，药学院中多门基础医学课程也都是他们勉为其难地由自己来开课。身受其害者显然是那些学生。
学生来源是培养优秀人才的重要因素
由国立上海医学院至上海医科大学的75年之间，一贯坚持以高分录取第一志愿报考者为医学生。学生多来自国内各城市省立或县立重点中学，如上海的上海中学、市三女中、市一中学等。每年均有许多优秀中学生争相报考，且录取者分数线都较高，录取后均能勤奋向学，学习成绩较好，表现真诚朴实。
反观合并后的上海医学院，丧失了招生权，招生事宜全由复旦大学招生办一手操办。因为考生在报考时不知道有"复旦大学医学院"这样的一个学院，因此以第一志愿报考者为数极少，达不到应招人数。而被录取者均为非第一志愿报考者。如由复旦招生办分配至上海医学院的考生中有64%是报考复旦其他学院而未被录取者。一般他们的录取分数线较低，学医的兴趣不大。这类学生学习成绩差，而且往往发现有考试作弊现象。
大学校长或学院院长是高校之主柱
合并前，正副院长或校长每天按时到校，其中有一天从事其专业或研究工作。在校师生时常能见到他们。院长有最高行政权力，具体有人事、经济、招生、召开会议等。
而合并后，正院长4/5时间在复旦大学本部上班，只有1/5时间在上医，但他十分忙碌，上医师生难以见到他。院长无人事、经济、招生权，也无召开会议之权。
师资的来源和建设
在上海医学院乃至上海医科大学阶段，师资多来自上医本科毕业生，或由其他重点医学院分配而来，都曾经受到上医优良传统的教育，质量较高。师资队伍整齐，并已形成梯队。每个教研室内都有几位教学质量良好、深受学生欢迎的老师。学校对于年轻教师的培养也很重视。助教有明确的培养计划和讲课试讲制度，执行严格。
合并后的师资则多为博士或硕士研究生，在他们毕业以前，根本就没有接触过教学工作，一旦毕业留校工作，就已经是讲师或副教授了，要上大课，其讲课质量可想而知。有的教师初上讲台，照本宣科。此外老师可以请人代课，也可以迟到早退，无奇不有。同样，学生也可以向他们的老师学习，上课缺席时有发生。学生缺席
2/3者并不少见。某学院的一次讲课中仅有3个学生前来听课。
临床与基础密切结合的做法
遭到破坏
合并以前，临床与基础密切结合的活动频繁，如定期召开临床病理讨论会，不定期或定期召开外科病理讨论会，有基础人员参加的疑难病例讨论会，各科联合病例讨论或会诊（如定期召开的肺内外科，放射科和病理科之间的联合病例讨论会）。此外，医院也经常将死亡病例送病理科进行尸体解剖。中山医院和华山医院之间文献进展和成果报告的交流也是经常不断地进行。
可是合并后，上述活动除中山医院尚有肺内科、肾内科和病理科的活检临床讨论会，华山医院偶有疑难病例讨论会以外，其他的活动全部停止。
专家委员会问题
在上海医科大学时曾设有专家委员会，作为校务的一种咨询机构，从而发挥资深老教授的作用。他们对上海医学院的过去是熟悉的，在教学、科研和师资培养等方面各有其专长和丰富的经验，尤其是对上医的优良传统深有体会。按理说这样一个起到承前启后作用的机构对于学校是能够产生很好的作用的，但该专家委员会在合并后却被解散。
学生质量及教师医师业务水平均有所下降
不少学生在毕业时对医师的最基本技能还未掌握，如作全身体格检查，如何写好一份病史；不清楚根据病情、检查（包括化验、仪器）结果来分析、归纳，得出初步诊断的方法；应用仪器检查某种病、某种部位，不考虑"指征"，而是普遍应用；不会先用简易有效方法，之后再进一步考虑用先进昂贵仪器；对许多医疗中的规则不熟悉。
综上所述可知，上海医科大学自并入复旦大学以后，在教学体制、人才培养、师资建设、临床与基础相结合以及如何对待上医优良传统等方面都存在不少问题，从而直接影响到教学质量、师资培养、学科发展以及临床与基础的密切结合，破坏了延承70余年的上医教学体制和优良传统。应当予以足够的重视。
当务之急是应当恢复教学必需的教学医院，即将现直属于复旦大学的各个附属医院仍回归于上海医学院。在这方面，上海交通大学与上海第二医科大学的合并就是一个很好的榜样。上二医大与交大合并后虽然称为交通大学医学院，但是整个上二医大的体制组织机构原封不动，仍旧保留其教学医院，如瑞金医院、仁济医院等称为交通大学医学院附属医院。其结果是在教学、临床和科研等方面都未受到任何影响。
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